Nie oznacza to jednak, że Uniwersytet nie posiada słabości, które należy wyeliminować drogą ewolucyjnych, ale możliwie dynamicznych zmian, włączając do dyskusji nad przyszłością uczelni całą społeczność akademicką.

• Uniwersytet nie posiada spójnego, długoletniego programu rozwoju, przez co nie ma odpowiedniej koordynacji działań strategicznych, a także odpowiedniego poziomu zrozumienia celów Uczelni wśród jej pracowników.
• Zauważalna jest daleko posunięta wzajemna izolacja wydziałów i innych jednostek uniwersyteckich, a także niewystarczająca współpraca między dyscyplinami naukowymi.
• Przyjęty w Uniwersytecie model zarządzania jest mało elastyczny, nie uwzględnia założeń tzw. zarządzania procesowego, właściwej partycypacji różnych grup społeczności akademickiej w procesie decyzyjnym, a także właściwego zarządzania ryzykiem.
• W związku z tym w Uniwersytecie panuje niewydajna struktura zarządzania, która charakteryzuje się rozbudowanymi procedurami, brakiem elastyczności i decyzyjności na niższych szczeblach administracyjnych.
• Uniwersyteckie zasady dotyczące zasobów kapitału ludzkiego nie sprzyjają optymalnemu jego rozwojowi, począwszy od braku jasnych i spójnych kryteriów oceny osiągnięć i zasad awansu pracowników naukowych, a szczególnie administracyjnych, poprzez brak systemu zachęt (dywersyfikacja wynagrodzeń, elastyczne rozwiązania w zakresie pensum czy przenoszenia na etaty badawcze), aż po zaniedbanie kwestii związanych z (pozafinansowym) dobrostanem pracowników.
• Jednym z poważniejszych wyzwań Uniwersytetu jest słaba komunikacja, co wpływa na poziom świadomości i zrozumienia wśród społeczności akademickiej dla działań podejmowanych przez władze, a także na poczucie bezpieczeństwa pracy.
• Pewien niepokój budzi struktura budżetu Uniwersytetu, w którym lwią część (ponad 70%) stanowi subwencja. Uniwersytet nie prowadzi aktywnej polityki poszukiwania środków finansowych od sponsorów i darczyńców.
• W programach studiów I stopnia zbyt wielki nacisk położony jest na specjalizację, a zbyt mały na wiedzę ogólną. Podobnie, na wszystkich szczeblach kształcenia brakuje treści nakierowanych na kształtowanie odpowiedzialnego obywatela, gotowego na wyzwania współczesnego świata (kompetencje miękkie, transwersalne, cyfrowe). W zbyt małym zakresie wykorzystuje się też nowoczesne formy kształcenia (cyfrowe, research-led learning).
• Choć w ostatnich latach wypracowano kompleksowe mechanizmy wspierania badań naukowych, pracownicy Uniwersytetu uzyskują wciąż zbyt mało grantów międzynarodowych i w niewystarczającym stopniu publikują w najlepszych czasopismach. Niezbyt intensywna jest także współpraca interdyscyplinarna.
• Uniwersytet korzysta z ograniczonych form współpracy z otoczeniem społeczno-gospodarczym, szczególnie w odniesieniu do społecznego wymiaru jego misji.

• Uniwersytet stoi przed wieloma wyzwaniami o charakterze globalnym, takimi jak rozwój nowych technologii, kryzys klimatyczny, zagrożenia wynikające z pandemii, emocjonalne sposoby uprawiania polityki, rozmycie pojęć i zanik autorytetów. Biorąc pod uwagę społeczną rolę Uniwersytetu, wyzwania te nie mogą zostać pominięte w kształtowaniu wizji Uczelni, ale stać się punktem odniesienia dla podejmowanych działań, a szczególnie dla długoterminowej strategii.
• W najbliższych latach Uniwersytet zmierzyć się będzie musiał także z postępującymi zmianami demograficznymi w Polsce, a szczególnie ze zmniejszającą się liczbą studentów.
• Najważniejszym być może wyzwaniem dla Uniwersytetu będzie potrzeba zdefiniowania na nowo własnego miejsca i roli, w szczególności w kontekście wspomnianych powyżej kwestii (globalizacja, procesy demograficzne, pandemia, rozwój technologii), ale także zwiększającej się światowej konkurencji w zakresie badań naukowych i nowoczesnej edukacji.
• Ogromną szansą dla Uniwersytetu jest udział w UNA EUROPA. Jest to bezprecedensowa próba stworzenia mechanizmów intensywnej, wielopłaszczyznowej współpracy, uruchomienia wspólnych projektów i wypracowania wspólnych standardów wraz z siedmioma innymi wiodącymi uczelniami z Europy. UNA EUROPA stanowić może platformę innowacji (w tym edukacyjnych i społecznych), które zwiększą konkurencyjność Uniwersytetu, pozwalając podnieść poziom badań naukowych i lepiej przygotować studentów do życia we współczesnym świecie. Będąc wyzwaniem dla wszystkich partnerów, projekt Uniwersytetu Europejskiego jest jednocześnie dla nich (a więc i dla UJ) szansą pionierskiego kształtowania krajobrazu edukacyjnego i badawczego dla przyszłości Europy.
• Szansą dla Uczelni są także inne programy Komisji Europejskiej oraz Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, a w szczególności program Inicjatywa Doskonałości - Uczelnia Badawcza, który pozwoli na stworzenie spójnego, kompleksowego ekosystemu badawczego i stanowi ważny wkład do strategii całego Uniwersytetu, zawierając także elementy budowania nowoczesnej dydaktyki i innowacyjnego zarządzania uczelnią.